廈門市中醫藥學會前身為中華全國中醫學會廈門分會，“文革”期間停止活動，1979年9月由已故中醫針灸專家陳應龍先生和康良石、林慶祥、吳尚義、曾琪等發起并恢復組織。1991年10月根據國家社團法規規定，重新登記改名為廈門市中醫學會，為法人社團，掛靠廈門市衛生局。1994年4月經廈門市科協、廈門市民政局社團辦批準正式更名為廈門市中醫藥學會。已召開五屆會員代表大會。1992年12月召開第五屆會員代表大會，選舉產生新一屆理事會。現任理事長康良石，秘書長盧太坤。理事會下設內科、外科、婦兒科、骨傷推拿、肛腸科等五個專業委員會，各專業委員會在理事會領導下獨立開展學術活動。學會現有會員280人，均為國家級會員，其中高級職稱會員110人，中級職稱會員103人，其他專業人員67人。
學會成立以來，堅持學會宗旨，認真貫徹執行黨的中醫政策，繼承發揚中醫優良傳統，積極開展中醫藥學術活動，推廣中醫藥科技成果，為振興廈門市中醫藥事業做了大量工作，二十多年來共舉辦中醫藥學術講座200多場次，學術年會8次，多次承辦中國中醫藥學會、福建省中醫藥學會的全國性、全省性學術會議，共交流學術論文1000多篇，出版年會論文匯編9集。幾年來出版的中醫藥學術論文專著有：《黃奕卿傷寒方苑薈萃》、《朱清祿醫療經驗》、《廖碧豀醫療經驗》、《近代名醫吳瑞甫學術研討專集》、《痧癥中醫民間傳統療法》等16種，共印刷7萬多冊。
開展中醫藥對港澳臺及國際學術交流，是我會工作的重要組成部分近年來學會共接待來自美國、加拿大、新加坡、香港、澳門、臺灣的專家學者10批、200多人次，向他們介紹祖國中醫藥學，讓世界了解中醫藥，為中醫藥走向世界做了一定工作。
為了適應改革機制，籌集學術活動經費，學會根據國家有關規定，想后創辦了廈門市中醫藥學會科技園門診部、廈門市中醫藥學會開元診所等兩個獨立法人經濟實體，收到了較好的社會效益和經濟效益。
目前學會具有接待海內外中醫學術團體、保健團體，承擔大中型學術會議的能力。
學會辦公地點：廈門市同安路2號天鷺大廈B座303室學會辦
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