中華中醫藥學會在理事會、常務理事會的領導下，由秘書長主持日常工作。學會秘書處設有11個部門：辦公室（人事處、黨辦、紀檢監察辦公室）、學術部、師承繼教部、科學普及部、國際交流部、科技評審部、標準化辦公室（研究與評價辦公室）、信息部（期刊管理辦公室）、會員服務部、財務部、后勤保衛部。各部門職能及聯系方式如下：
秘書長：李宗友
副秘書長：馬駿、陳俊峰
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辦公室（人事處、黨辦、紀檢監察辦公室）
負責處理機關政務及組織協調相關日常工作，負責組織重要文件起草編寫工作，負責機關各項規章制度的制定、監督執行，合同、檔案管理，組織機構年檢等信息上報，負責學會干部人事工作，負責學會黨務紀檢相關工作。
負責人：康寧
電子郵箱：cacmbgs@163.com
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學術部
負責組織廣大中醫藥科技工作者開展學術交流，匯總、審核和協調學會年度學術活動，指導與管理各分支機構的組織建設和學術交流，協助學會理事會黨委指導分支機構黨建工作，負責理事會、常務理事會的有關籌備工作；對相關合作項目的事前、事中、事后管理。
負責人：莊乾竹
電話：（010）64201986
電子郵箱：xueshubu205@163.com
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師承繼教部
負責國家級中醫藥繼續教育項目的評審、日常管理和執行情況公示；參與繼續教育相關政策修訂；開展中醫藥學術傳承與繼續教育活動；服務中醫藥從業人員學術交流與技術能力提升；對相關合作項目的事前、事中、事后管理。
負責人：周艷杰
電話：（010）84130490
電子郵箱：xhscjjb@163.com
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科學普及部
作好中醫藥文化的傳承和弘揚工作，擴大中醫藥文化的影響；促進中醫藥科研成果的轉化和推廣應用；對相關合作項目的事前、事中、事后管理。
負責人：張霄瀟
電話：（010）64274797
電子郵箱：kxpjb211@163.com
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國際交流部
負責協調學會及其?？品謺?、合作單位開展國際及港澳臺地區交流與合作，開展中醫藥服務貿易，聯絡海外會員，承擔國際學術會議和雙邊學術會議的組織管理；對相關合作項目的事前、事中、事后管理。
負責人：閆錚
電話：（010）64206805
電子郵箱：zyyxhgjb@163.com
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科技評審部
開展中醫藥科研項目、科技成果的評價、評估；評選、獎勵、舉薦優秀中醫藥科技成果、國內外優秀中醫藥人才；推動中醫藥科技成果的轉化和應用；對相關合作項目的事前、事中、事后管理。
負責人：于宏偉
電話：（010）64271946
電子郵箱：jlb204@126.com
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標準化辦公室（研究與評價辦公室）
承擔全國中醫標準化技術委員會秘書處事務，組織制、修訂和推廣實施中醫藥標準；建立產學研協同創新平臺、推廣科技成果、適宜技術和創新產品；學術研究與技術評價；行業調研與戰略咨詢；對相關合作項目的事前、事中、事后管理。
負責人：蘇祥飛
電話：（010）64205923
電子郵箱：bzhtcm@163.com
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信息部（期刊管理辦公室）
負責學會信息化建設；信息網絡開發維護、運營管理及安全防護工作；做好網站、微信的更新；負責學會系列期刊日常管理、規劃制定；負責中醫藥期刊網以及期刊集群化建設；承接國家中醫藥管理局期刊審讀工作；對相關合作項目的事前、事中、事后管理。
負責人：厙宇
電話：（010）64214947
電子郵箱：xinxibu102@126.com（信息部）
cacmqkbgs@163.com（期刊管理辦公室）
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會員服務部
主要負責會員注冊、會費收繳、會員信息管理；會員入會等相關咨詢服務；會員綜合平臺的管理、運營；青年人才托舉工程項目的組織、實施。各省、市級中醫藥學會的日常聯絡。
主任：王琳琳
電話：（010）64298551
電子郵箱： cacmhy@vip.163.com?
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財務部
負責對秘書處和分支機構經濟活動的會計核算和監督、財務制度的制定及修訂；編寫部門預算，編報部門決算以及分析說明；按要求進行稅務申報、繳納稅款；配合上級或第三方審計部門對本單位的進行審計等工作。
負責人：戴紅
電話：（010）64289648
電子郵箱：zhzyyxh@163.com
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后勤保衛部
負責固定資產的購置和登記、維護、報廢等，負責學會公務用車管理，負責辦公用品、勞保用品的購置和發放，安全保衛、環境衛生、綠化及地區街道、辦事處的聯絡，負責收發文印、職工福利、計劃生育及老干部工作。
負責人：屈北京
電話：（010）64216490
地址：北京市朝陽區櫻花園東街甲4號
